当神秘小美人鱼遇上了传说中的大海怪，深藏在海洋深处的秘密也由此揭开，一场充满惊险刺激的海洋冒险之旅即将开启。

明朝末年，遭遇海难后回到家乡的大明水师军官林啸为了阻止东瀛倭寇得到大海盗汪直遗留下的“神机武库”同时找回失踪的战友，接受了水师参将向吉的征召，再次踏上凶险万分的寻宝之路。航行中，凶残嗜血的神秘海怪族群与贪婪狡诈的海盗组织同时盯上了林啸和其他的船员，林啸必须与同伴携手，与狡诈的倭寇以及凶残的巨型章鱼海怪斗智斗勇，完成取得“神机武库”的任务…

一艘货轮在航行时突然遭遇海怪袭击，被寄生虫占据的船员逐渐变异失去人性。船员们在惊险逃生的过程中，竟又遇上海盗劫持，双重危机下生命危在旦夕！惊天海怪来势汹汹，血光漫天，海盗内部分裂，船员人心暗涌，究竟谁，才能活到最后？